לצד יעילותו הגבוהה בהקלה על תסמיני גיל המעבר, הטיפול ההורמונלי אינו מתאים לכל אישה ודורש התאמה אישית ומעקב רפואי. בחלק מהנשים, במיוחד כאלה עם רקע של קרישי דם, מחלות כבד או סרטן רגיש לאסטרוגן, יש להימנע מטיפול הורמונלי או לבחור חלופות אחרות. טיפול פומי עשוי להעלות מעט את הסיכון לאירועים תרומבואמבוליים, ועל כן לעיתים קיימת עדיפות למתן טרנסדרמלי (מדבקות/ג׳ל) בנשים בעלות גורמי סיכון. הסיכון לסרטן שד תלוי בסוג הטיפול, משך השימוש והיסטוריה משפחתית — והערכת סיכונים אישית חשובה לפני התחלת הטיפול.
לכן ההחלטה על טיפול הורמונלי מתקבלת בשיתוף עם הרופא, תוך בחינת המצב הרפואי המלא, גורמי סיכון והעדפות המטופלת — כך שהטיפול יהיה גם יעיל וגם בטוח.